Font Size

SCREEN

Cpanel

Tehnike obrade biomedicinskih signala

Predmet 13M051TOBS
Status Broj časova (P+V+L) Krediti
Plan nastave  Izborni   2+0+2  6
Predavanja - dr Nadica Miljković, vanredni profesor, kabinet 68
Vežbe - dr Nadica Miljković, vanredni profesor , kabinet 68

Sva obaveštenja se nalaze na sajtu TOBS predmeta.

Rlogo

TOBS - Materijali za predavanja

Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde (iz školske 2016/17) i informaciju o uvodnom predavanju u sekciji TOBS - Obaveštenja.

Svi materijali dostupni u Zenodo repozitorijumu mogu se naći na https://zenodo.org/communities/tobs/.

Prezentacije sa predavanja školske 2022/23 i video lekcije iz 2021/2022 školske godine:

  1. Uvodno predavanje, zenodo.4573992 (05.10.2022. i 27.02.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  2. Osnovni podaci u programskom jeziku R, zenodo.4606662 (06.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  3. Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i nauka o podacima, zenodo.4625916 (13.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    1. Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
      1. Biryukova, E., & Sirotkina, I. (2020). Forward to Bernstein: movement complexity as a new frontier. Frontiers in Neuroscience14. doi: 10.3389/fnins.2020.00553
      2. Vukobratović, M., & Jovanović, M. (2010). Nikolai Aleksandrovich Bernstein - Pioneer in control and cybernetics. International Journal of Humanoid Robotics7(01), 213-222. doi: 10.1142/S0219843610002040
  4. Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja, zenodo.4642414 (20.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    1. Preporučen klip za interfejs sa bazama u SQL-u: R Tutorial: Connect to a database, DataCamp, 2016.
  5. Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretraga, zenodo.4661755 (25.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  6. Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala, zenodo.4679296 (27.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  7. Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignala, zenodo.4699317 (03.04.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  8. Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo), zenodo.4721819 (10.04.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  9. Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-u, zenodo.4739339 50.txt. (24.04.2023.) Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R. (ažurirano 09.05.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2. Demo za merenje signala u R-u je dostupan na YouTube linku - https://youtu.be/UoF_g5a_SdE.
    1. Dodatna i preporučena prezentacija za nauku o podacima od R. Harter "Getting Credit for Invisible Work"
    2. Preporučena prezentacija sa odličnom vizuelizacijom podataka od H. Rosling "The best stats you've ever seen!"
    3. Preporučeni priručnik autora Nordmann, Emily, et al. "Data visualisation using R, for researchers who don't use R." (2021).
  10. Automatski izveštaji i t-test, zenodo.4764538 (08.05.2023), Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj je dostupan na: download1 i download2, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  11. t-test i Case study analize podataka, Screenshot 2021 05 24 t test i Case study analize podataka (15.05.2023), Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  12. Shiny veb aplikacijezenodo.4894533 (22.05.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  13. Topografija za vizuelizaciju podataka i Etika u radu sa podacima, prezentacija (29.05.2023.)

Dodatne lekcije:

  1. PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt.
  2. Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA.

Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)

Primeri ispitnih rokova:

  1. test, rešenja i pletizmograf.txt (april 2018)
  2. ispit i rešenja (oktobar 2017)
  3. ispit, rešenja i signali (jul 2017)
  4. ispit, rešenja i signali (jun 2017)
  5. test, rešenja i signali (april 2017)

Dodatni materijali (ažurirano 10.04.2023):

  1. Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018, zenodo.1335666
  2. Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.
  3. Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.
  4. Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph
  5. Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020
  6. Primer interaktivnog grafika u zdravstvu: https://live.mojdoktor.gov.rs/
  7. Kolekcija materijala/knjiga za programiranje u R-u, https://www.bigbookofr.com/index.html
  8. Knjiga H. Wickham Mastering Shiny, https://mastering-shiny.org/index.html
  9. Visual Vocabulary, https://ft-interactive.github.io/visual-vocabulary/
  10. 10 najgorih grafika, https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/topten_worstgraphs/ na sajtu Karla Bromana sa Viskonsin univerziteta
  11. Primeri dobrih i loših grafika Međunarodne asocijacije za obrazovanje statističara, https://iase-web.org/islp/apps/gov_stats_graphing/GoodBad/GoodBadGraphs.pdf
  12. Primeri dobrih i loših grafika dr. Lija sa Univerziteta u Džordžiji, Friends don't let friends make bad graphs, https://github.com/cxli233/FriendsDontLetFriends
  13. Primeri dobrih i loših grafika sa BioTuring bloga, Good chart, bad chart, https://blog.bioturing.com/2018/04/26/good-chart-bad-chart/
  14. Za procenu koliko memorijskog prostora zauzimaju pojedini podaci, može se koristiti i funkcija object.size(). U odnosu na manuelni proračun sa časa, ova funkcija daje za rezultat veći memorijski prostor kada se primeni nad data frame podacima, u odnosu na kolone iz data frame-a. Takođe, obratiti pažnju d akod poređenja manuelnih rezultata sa rezultatima funkcije može doći do razlike od 48 B (koliko zauzima alociranje podataka u R-u). Za detaljno objašnjenje, pogledati: http://adv-r.had.co.nz/memory.html

TOBS - Obaveštenja

17.08.2023. ODBRANE PROJEKATA IZ TOBS PREDMETA u avgustovskom ispitnom roku će se održati 30.08.2023. sa početkom u 14 časova u kabinetu 68.

26.06.2023. ISPIT IZ TOBS PREDMETA u julskom ispitnom roku će se održati 06.07.2023. sa početkom u 15 časova u sali 55. Rok za predaju projekata 06.07.2023, a odbrane projekata će se održati 07.07.2023. godine u 11 časova u kabinetu 68.

Opširnije: TOBS - Obaveštenja

TOBS - Vežbe

Materijali za vežbe školske 2022/23 i video uputstva iz 2021/2022 školske godine:

  1. Uvodna vežba: zenodo.4625578, kod (07.03.2023), YouTube uputstvo
  2. Osnovni podaci u R-u i učitavanje podataka iz datoteka: zenodo.4625586, kod (11.03.2023), YouTube uputstvo
  3. Prikaz podataka i manipulacija nedostajućim vrednostima: zenodo.4625785, kod (14.03.2023), YouTube uputstvo
  4. Manipulacija podacima, kontrolne strukture i dplyr paket na primeru studija spavanja: zenodo.4699128, kod (21.03.2023), YouTube uputstvo
  5. Funkcija i analiza srčanog pulsa merenog na zdravim ispitanicima: zenodo.4699136, kod (28.03.2023), YouTube uputstvo
  6. Kontrolne funkcije, pretprocesiranje biosignala i debagovanje: zenodo.4699142, puls.txt, kod (11.04.2023), YouTube uputstvo
  7. Sintetički EMG signal: zenodo.4764546, EMG.csv, kod (18.04.2023, kod je promenjen 19.04.2023. i u njemu su dati odgovori na pitanja sa vežbi), YouTube uputstvo
  8. Vizuelizacija podataka: zenodo.4764587, kod (25.04.2023), YouTube uputstvo
  9. Vizuelizacija i merenje biosignala: zenodo.4764625, EMG.csv, EMG6channelsBicepsCocontraction.csv, kod (09.05.2023), YouTube uputstvo
  10. Automatsko generisanje izveštaja: zenodo.4896535, EMG signali, kod (16.05.2023), YouTube uputstvo
  11. T-test u stroke studiji i studiji spavanja: zenodo.4896747, kod (23.05.2023), YouTube uputstvo
  12. Kreiranje Shiny veb aplikacije: zenodo.4896767, EMG signali, kod (23.05.2023), YouTube uputstvo

DODATNE NAPOMENE:

Za proveru postojećih paketa (pre pokretanja instalacije), studenti/kinje mogu koristiti sledeći kod: if (!require("abd")) install.packages("abd"). Primer koda je dat za "abd" paket sa CRAN-a (eng. The Analysis of Biological Data).

Da bi se dodao novi red u tekstu u .Rmd dokumentu, potrebno je dodati dva znaka razmaka tj. space-a.

DODATNI MATERIJALI: Realizacija MA (eng. Moving Average) filtara u R-u je objašnjena ovde.

TOBS - Projekti

Spisak projekata za školsku 2022/23. godinu, zenodo.7794192 (ažurirano 03.04.2023).

Uputstvo za pripremu i držanje prezentacija, studenti/kinje mogu pogledati ovde.

Opširnije: TOBS - Projekti

Potkategorije

Prijavljivanje

Vi ste ovde: Home 13M051TOBS