Signali i sistemi ETF

Tehnike obrade biomedicinskih signala

Sva obaveštenja se nalaze na sajtu TOBS predmeta.

TOBS - Materijali za predavanja

Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde (iz školske 2016/17) i informaciju o uvodnom predavanju u sekciji TOBS - Obaveštenja.

Svi materijali dostupni u Zenodo repozitorijumu mogu se naći na https://zenodo.org/communities/tobs/.

Prezentacije sa predavanja školske 2022/23 i video lekcije iz 2021/2022 školske godine:

1. Uvodno predavanje,  (05.10.2022. i 27.02.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
   
2. Osnovni podaci u programskom jeziku R,  (06.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
3. Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i nauka o podacima,  (13.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
   
   1. Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
      1. Biryukova, E., & Sirotkina, I. (2020). Forward to Bernstein: movement complexity as a new frontier. Frontiers in Neuroscience, 14. doi: 10.3389/fnins.2020.00553
      2. Vukobratović, M., & Jovanović, M. (2010). Nikolai Aleksandrovich Bernstein - Pioneer in control and cybernetics. International Journal of Humanoid Robotics, 7(01), 213-222. doi: 10.1142/S0219843610002040
4. Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja,  (20.03.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
   1. Preporučen klip za interfejs sa bazama u SQL-u: R Tutorial: Connect to a database, DataCamp, 2016.
5. Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretraga, , YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
6. Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala, , YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
7. Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignala, , YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
8. Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo), , YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
9. Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-u,  50.txt. Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2. Demo za merenje signala u R-u je dostupan na YouTube linku - https://youtu.be/UoF_g5a_SdE.
   
   1. Dodatna i preporučena prezentacija za nauku o podacima od R. Harter "Getting Credit for Invisible Work"
   2. Preporučena prezentacija sa odličnom vizuelizacijom podataka od H. Rosling "The best stats you've ever seen!"
   3. Preporučeni priručnik autora Nordmann, Emily, et al. "Data visualisation using R, for researchers who don't use R." (2021).
10. Automatski izveštaji i t-test,  Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj je dostupan na: download1 i download2, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    
11. t-test i Case study analize podataka, Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    
12. Shiny veb aplikacije, , YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    
13. Topografija za vizuelizaciju podataka i Etika u radu sa podacima, prezentacija

Dodatne lekcije:

1. PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt.
2. Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA.

Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)

Primeri ispitnih rokova:

1. test, rešenja i pletizmograf.txt (april 2018)
2. ispit i rešenja (oktobar 2017)
3. ispit, rešenja i signali (jul 2017)
4. ispit, rešenja i signali (jun 2017)
5. test, rešenja i signali (april 2017)

Dodatni materijali (ažurirano 14.03.2023):

1. Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018,
2. Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.
3. Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.
4. Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph
5. Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020
6. Primer interaktivnog grafika u zdravstvu: https://live.mojdoktor.gov.rs/
7. Kolekcija materijala/knjiga za programiranje u R-u, https://www.bigbookofr.com/index.html
8. Knjiga H. Wickham Mastering Shiny, https://mastering-shiny.org/index.html
9. Visual Vocabulary, https://ft-interactive.github.io/visual-vocabulary/
10. 10 najgorih grafika, https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/topten_worstgraphs/ na sajtu Karla Bromana sa Viskonsin univerziteta
11. Primeri dobrih i loših grafika Međunarodne asocijacije za obrazovanje statističara, https://iase-web.org/islp/apps/gov_stats_graphing/GoodBad/GoodBadGraphs.pdf
12. Primeri dobrih i loših grafika dr. Lija sa Univerziteta u Džordžiji, Friends don't let friends make bad graphs, https://github.com/cxli233/FriendsDontLetFriends
13. Primeri dobrih i loših grafika sa BioTuring bloga, Good chart, bad chart, https://blog.bioturing.com/2018/04/26/good-chart-bad-chart/

TOBS - Obaveštenja

06903.2023. U SUBOTU 11.03.2023. je, prema kalendaru nastave, radna subota sa rasporedom od utorka. Vežbe iz TOBS predmeta će se držati u subotu (od 18:15 časova u sali 315), prema rasporedu.

06.03.2023. BESPLATNA ŠKOLA O BCI (eng. Brain Computer Interface) u organizaciji g.tec-a će se organizovati i u 2023. godini, a prijave su otvorene i dostupne na https://www.gtec.at/spring-school-2023/.

01.03.2023. KONAČAN TERMIN LAB. VEŽBI iz TOBS predmeta je utorkom od 18 časova u učionici 315.

21.02.2023. UVODNO PREDAVANJE iz predmeta Tehnike obrade biomedicinskih signala, održaće se u ponedeljak 27.02.2023. sa početkom u 16 časova u sali 55, prema zvaničnom rasporedu časova. Vežbe se neće držati u prvoj sedmici predavanja, a planirano je da se drže sredom od 17 časova u sali 315.

Opširnije: TOBS - Obaveštenja

TOBS - Vežbe

Materijali za vežbe školske 2022/23 i video uputstva iz 2021/2022 školske godine:

1. Uvodna vežba: , kod (07.03.2023), YouTube uputstvo
2. Osnovni podaci u R-u i učitavanje podataka iz datoteka: , kod (11.03.2023), YouTube uputstvo
   
3. Prikaz podataka i manipulacija nedostajućim vrednostima: , kod (14.03.2023), YouTube uputstvo
   
4. Manipulacija podacima, kontrolne strukture i dplyr paket na primeru studija spavanja: , kod (21.03.2023), YouTube uputstvo
   
5. Funkcija i analiza srčanog pulsa merenog na zdravim ispitanicima: , kod, YouTube uputstvo
6. Kontrolne funkcije, pretprocesiranje biosignala i debagovanje: , puls.txt, kod, YouTube uputstvo
   
7. Sintetički EMG signal: , EMG.csv, kod, YouTube uputstvo
8. Vizuelizacija podataka: , kod, YouTube uputstvo
9. Vizuelizacija i merenje biosignala: , EMG.csv, EMG6channelsBicepsCocontraction.csv, kod, YouTube uputstvo
10. Automatsko generisanje izveštaja: , EMG signali, kod, YouTube uputstvo
11. T-test u stroke studiji i studiji spavanja: , kod, YouTube uputstvo
12. Kreiranje Shiny veb aplikacije: , EMG signali, kod, YouTube uputstvo

DODATNE NAPOMENE:

Za proveru postojećih paketa (pre pokretanja instalacije), studenti/kinje mogu koristiti sledeći kod: if (!require("abd")) install.packages("abd"). Primer koda je dat za "abd" paket sa CRAN-a (eng. The Analysis of Biological Data).

Da bi se dodao novi red u tekstu u .Rmd dokumentu, potrebno je dodati dva znaka razmaka tj. space-a.

DODATNI MATERIJALI: Realizacija MA (eng. Moving Average) filtara u R-u je objašnjena ovde.

TOBS - Projekti

Spisak projekata za školsku 2021/22. godinu je dostupan ovde (postavljeno 21.03.2022).

Uputstvo za pripremu i držanje prezentacija, studenti/kinje mogu pogledati ovde.

Opširnije: TOBS - Projekti