Signali i sistemi ETF

Tehnike obrade biomedicinskih signala

Sva obaveštenja se nalaze na sajtu TOBS predmeta.

TOBS - Materijali za predavanja

Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde (iz školske 2016/17) i informaciju o uvodnom predavanju u sekciji TOBS - Obaveštenja.

Svi materijali dostupni u Zenodo repozitorijumu mogu se naći na https://zenodo.org/communities/tobs/.

Udžbenik za TOBS predmet:

1. Analiza biosignala sa praktičnim primerima u programskom jeziku R,

Prezentacije sa predavanja školske 2023/24. godine i video lekcije iz 2021/2022. školske godine:

1. Uvodno predavanje,  (04.10.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
   
2. Osnovni podaci u programskom jeziku R,  (02.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
3. Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i nauka o podacima,  (09.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
   
   1. Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
      1. Biryukova, E., & Sirotkina, I. (2020). Forward to Bernstein: movement complexity as a new frontier. Frontiers in Neuroscience, 14. doi: 10.3389/fnins.2020.00553
      2. Vukobratović, M., & Jovanović, M. (2010). Nikolai Aleksandrovich Bernstein - Pioneer in control and cybernetics. International Journal of Humanoid Robotics, 7(01), 213-222. doi: 10.1142/S0219843610002040
4. Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja,  (17.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
   1. Preporučen klip za interfejs sa bazama u SQL-u: R Tutorial: Connect to a database, DataCamp, 2016.
5. Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretraga,  (22.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
6. Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala, (30.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
7. Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignala,  (07.04.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
8. Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo),  (10.04.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
9. Automatski izveštaji i t-test,  (28.04.2024), Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj je dostupan na: download1 i download2, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
10. Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-u,  50.txt. (20.04.2024.) Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R. (ažurirano 09.05.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2. Demo za merenje signala u R-u je dostupan na YouTube linku - https://youtu.be/UoF_g5a_SdE.
    
    1. Dodatna i preporučena prezentacija za nauku o podacima od R. Harter "Getting Credit for Invisible Work"
    2. Preporučena prezentacija sa odličnom vizuelizacijom podataka od H. Rosling "The best stats you've ever seen!"
    3. Preporučeni priručnik autora Nordmann, Emily, et al. "Data visualisation using R, for researchers who don't use R." (2021).
11. t-test i Case study analize podataka, (26.05.2024), Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    
12. Shiny veb aplikacije,  (26.05.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    

Dodatne lekcije:

1. PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt
2. Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA
3. Topografija za vizuelizaciju podataka i Etika u radu sa podacima

Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)

Primeri ispitnih rokova:

1. test, rešenja i pletizmograf.txt (april 2018)
2. ispit i rešenja (oktobar 2017)
3. ispit, rešenja i signali (jul 2017)
4. ispit, rešenja i signali (jun 2017)
5. test, rešenja i signali (april 2017)

Dodatni materijali (ažurirano 10.04.2023):

1. Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018,
2. Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.
3. Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.
4. Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph
5. Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020
6. Primer interaktivnog grafika u zdravstvu: https://live.mojdoktor.gov.rs/
7. Kolekcija materijala/knjiga za programiranje u R-u, https://www.bigbookofr.com/index.html
8. Knjiga H. Wickham Mastering Shiny, https://mastering-shiny.org/index.html
9. Visual Vocabulary, https://ft-interactive.github.io/visual-vocabulary/
10. 10 najgorih grafika, https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/topten_worstgraphs/ na sajtu Karla Bromana sa Viskonsin univerziteta
11. Primeri dobrih i loših grafika Međunarodne asocijacije za obrazovanje statističara, https://iase-web.org/islp/apps/gov_stats_graphing/GoodBad/GoodBadGraphs.pdf
12. Primeri dobrih i loših grafika dr. Lija sa Univerziteta u Džordžiji, Friends don't let friends make bad graphs, https://github.com/cxli233/FriendsDontLetFriends
13. Primeri dobrih i loših grafika sa BioTuring bloga, Good chart, bad chart, https://blog.bioturing.com/2018/04/26/good-chart-bad-chart/
14. Za procenu koliko memorijskog prostora zauzimaju pojedini podaci, može se koristiti i funkcija object.size(). U odnosu na manuelni proračun sa časa, ova funkcija daje za rezultat veći memorijski prostor kada se primeni nad data frame podacima, u odnosu na kolone iz data frame-a. Takođe, obratiti pažnju d akod poređenja manuelnih rezultata sa rezultatima funkcije može doći do razlike od 48 B (koliko zauzima alociranje podataka u R-u). Za detaljno objašnjenje, pogledati: http://adv-r.had.co.nz/memory.html

TOBS - Obaveštenja

12.11.2025. MOLBA ZA UČEŠĆE U ISTRAŽIVANJU - kolege za Filozofskog fakulteta, Univerziteta u Beogradu sa Odeljenja za pishologiju i iz LIRA Laba, organizuju istraživanje, koje je u vezi sa animizmom i antropomorfizmom (gde je posebno interesantan deo u kome se ispituje da li ljudi računarima i programima dodeljuju svojstva živih bića, na primer "genetski algoritam"). Svi zainteresovani, mogu učestvovati u istraživanju popunjavanjem upitnika, dostupnog na sledećem linku: https://fakultet.totalassessment.rs/td2/mila/exe.php?run&design&t=AASB&g=male&l=sr

05.11.2025. RADIONICU "KAKO NEURONI KOMUNICIRAJU I GRADE MREŽE U MOZGU" će u saradnji sa Backyard Brains, održati dr Ljubica Cimeša (koja je završila osnovne studije na Univerzitetu u Beogradu - Elektrotehničkom fakultetu) 12.11.2025. godine sa početkom u 16 časova u Beogradu. CIlj radionice je da se kroz teorijska objašnjenja i računarske simulacije pokaže kako neuroni stvaraju električne signale i kako formiraju neuralne mreže. Učešće je besplatno, a prijave su obavezne. Više informacija na: https://backyardbrains.rs/en/workshop/how-neurons-communicate-and-build-networks-in-the-brain/

02.11.2025. INDIVUDUALNE KONSULTACIJE u vezi sa nastavom i predispitnim obavezama u školskoj 2025/2026. godini iz TOBS predmeta (Tehnike obrade biomedicinskih signala) se mogu zakazati slanjem upita na mejl Ova adresa el. pošte je zaštićena od spambotova. Omogućite JavaScript da biste je videli..

02.11.2025. DESCON 9.0 KONFERENCIJA (koja uključuje i hakaton povodom primene mikrokontrolera sa ciljem nadogradnje otvorenog Klimerko uređaja) će se održati u Beogradu od 21. do 23. novembra 2025. godine. Pored hakatona, svi zainteresovani mogu učestvovati u predavanjima ovogodišnje konferencije (koja se odnose na oblasti nauke o podacima i veštačke inteligencije) koja nosi naziv "Poverenje i moć: VI je okrutna ljubavnica" (eng. "Truth and Power: AI is a Harsh Mistress"). Učešće je besplatno, ali su prijave obavezne. Više informacija na: https://descon.me/2025/

Opširnije: TOBS - Obaveštenja

TOBS - Vežbe

Materijali za vežbe školske 2023/24 i video uputstva iz 2021/2022 školske godine:

1. Uvodna vežba: , kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
2. Osnovni podaci u R-u i učitavanje podataka iz datoteka: , kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
   
3. Prikaz podataka i manipulacija nedostajućim vrednostima: , kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
   
4. Manipulacija podacima, kontrolne strukture i dplyr paket na primeru studija spavanja: , kod (30.03.2024), YouTube uputstvo
   
5. Funkcija i analiza srčanog pulsa merenog na zdravim ispitanicima: , kod (22.03.2024), YouTube uputstvo
6. Kontrolne funkcije, pretprocesiranje biosignala i debagovanje: , puls.txt, kod (30.03.2024), YouTube uputstvo
   
7. Sintetički EMG signal: , EMG.csv, kod (07.04.2024), YouTube uputstvo
8. Vizuelizacija podataka: , kod (10.04.2024), YouTube uputstvo
9. Vizuelizacija i merenje biosignala: , EMG.csv, EMG6channelsBicepsCocontraction.csv, kod (20.04.2024), YouTube uputstvo
10. Automatsko generisanje izveštaja: , EMG signali, kod (28.04.2024), YouTube uputstvo
11. T-test u stroke studiji i studiji spavanja: , kod (26.05.2024), YouTube uputstvo
12. Kreiranje Shiny veb aplikacije: , EMG signali, kod (26.05.2024), YouTube uputstvo

DODATNE NAPOMENE:

Za proveru postojećih paketa (pre pokretanja instalacije), studenti/kinje mogu koristiti sledeći kod: if (!require("abd")) install.packages("abd"). Primer koda je dat za "abd" paket sa CRAN-a (eng. The Analysis of Biological Data).

Da bi se dodao novi red u tekstu u .Rmd dokumentu, potrebno je dodati dva znaka razmaka tj. space-a.

DODATNI MATERIJALI: Realizacija MA (eng. Moving Average) filtara u R-u je objašnjena ovde.

TOBS - Projekti

21.08.2025. - predavanje "Reverse Engineering Life: A teardown of the DNA source code of a whole bacterium" tokom WHY 2025 konferencije (eng. What Hackers Yearn 2025), koje je održao B. Hubert, može poslužiti kao inspiracija za projekte iz oblasti bioinformatike na TOBS predmetu.

Spisak projekata za školsku 2023/24. godinu,  (ažurirano 11.04.2024).

Uputstvo za pripremu i držanje prezentacija, studenti/kinje mogu pogledati ovde.

Opširnije: TOBS - Projekti