Tehnike obrade biomedicinskih signala
Predmet 13M051TOBS |
Status | Broj časova (P+V+L) | Krediti |
Plan nastave | Izborni | 2+0+2 | 6 |
Predavanja - dr Nadica Miljković, vanredna profesorka, kabinet 68 | |||
Vežbe - dr Nadica Miljković, vanredna profesorka , kabinet 68 |
Sva obaveštenja se nalaze na sajtu TOBS predmeta.
TOBS - Materijali za predavanja
Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde (iz školske 2016/17) i informaciju o uvodnom predavanju u sekciji TOBS - Obaveštenja.
Svi materijali dostupni u Zenodo repozitorijumu mogu se naći na https://zenodo.org/communities/tobs/.
Udžbenik za TOBS predmet:
Prezentacije sa predavanja školske 2023/24. godine i video lekcije iz 2021/2022. školske godine:
- Uvodno predavanje, (04.10.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Osnovni podaci u programskom jeziku R, (02.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i nauka o podacima, (09.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
- Biryukova, E., & Sirotkina, I. (2020). Forward to Bernstein: movement complexity as a new frontier. Frontiers in Neuroscience, 14. doi: 10.3389/fnins.2020.00553
- Vukobratović, M., & Jovanović, M. (2010). Nikolai Aleksandrovich Bernstein - Pioneer in control and cybernetics. International Journal of Humanoid Robotics, 7(01), 213-222. doi: 10.1142/S0219843610002040
- Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
- Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja, (17.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Preporučen klip za interfejs sa bazama u SQL-u: R Tutorial: Connect to a database, DataCamp, 2016.
- Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretraga, (22.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala, (30.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignala, (07.04.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo), (10.04.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Automatski izveštaji i t-test, (28.04.2024), Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj je dostupan na: download1 i download2, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-u, 50.txt. (20.04.2024.) Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R. (ažurirano 09.05.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2. Demo za merenje signala u R-u je dostupan na YouTube linku - https://youtu.be/UoF_g5a_SdE.
- Dodatna i preporučena prezentacija za nauku o podacima od R. Harter "Getting Credit for Invisible Work"
- Preporučena prezentacija sa odličnom vizuelizacijom podataka od H. Rosling "The best stats you've ever seen!"
- Preporučeni priručnik autora Nordmann, Emily, et al. "Data visualisation using R, for researchers who don't use R." (2021).
- t-test i Case study analize podataka, (26.05.2024), Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
- Shiny veb aplikacije, (26.05.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
Dodatne lekcije:
- PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt
- Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA
- Topografija za vizuelizaciju podataka i Etika u radu sa podacima
Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)
Primeri ispitnih rokova:
- test, rešenja i pletizmograf.txt (april 2018)
- ispit i rešenja (oktobar 2017)
- ispit, rešenja i signali (jul 2017)
- ispit, rešenja i signali (jun 2017)
- test, rešenja i signali (april 2017)
Dodatni materijali (ažurirano 10.04.2023):
- Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018,
- Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.
- Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.
- Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph
- Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020
- Primer interaktivnog grafika u zdravstvu: https://live.mojdoktor.gov.rs/
- Kolekcija materijala/knjiga za programiranje u R-u, https://www.bigbookofr.com/index.html
- Knjiga H. Wickham Mastering Shiny, https://mastering-shiny.org/index.html
- Visual Vocabulary, https://ft-interactive.github.io/visual-vocabulary/
- 10 najgorih grafika, https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/topten_worstgraphs/ na sajtu Karla Bromana sa Viskonsin univerziteta
- Primeri dobrih i loših grafika Međunarodne asocijacije za obrazovanje statističara, https://iase-web.org/islp/apps/gov_stats_graphing/GoodBad/GoodBadGraphs.pdf
- Primeri dobrih i loših grafika dr. Lija sa Univerziteta u Džordžiji, Friends don't let friends make bad graphs, https://github.com/cxli233/FriendsDontLetFriends
- Primeri dobrih i loših grafika sa BioTuring bloga, Good chart, bad chart, https://blog.bioturing.com/2018/04/26/good-chart-bad-chart/
- Za procenu koliko memorijskog prostora zauzimaju pojedini podaci, može se koristiti i funkcija object.size(). U odnosu na manuelni proračun sa časa, ova funkcija daje za rezultat veći memorijski prostor kada se primeni nad data frame podacima, u odnosu na kolone iz data frame-a. Takođe, obratiti pažnju d akod poređenja manuelnih rezultata sa rezultatima funkcije može doći do razlike od 48 B (koliko zauzima alociranje podataka u R-u). Za detaljno objašnjenje, pogledati: http://adv-r.had.co.nz/memory.html
TOBS - Obaveštenja
12.11.2024. NORDEUS DATA SCIENCE CHALLENGE je namenjen studentima i studentkinjama završnih godina osnovnih i master akademskih studija. Izazov uključuje primenu podataka iz realne produkcije, a primarni fokus je na širenju znanja i veština iz oblasti nauke o podacima (eng. Data Science). Rok za prijavu je 17.11.2024. godine. Rešenja mogu uključiti primenu mašinskog učenja, ali to nije obavezno, analiza se temelji na eksplorativnoj analizi podataka i na izradi prediktivnog modela. Mogu se koristiti različiti programski jezici, uključujući R, Pajton i Matlab. Više informacija na: https://nordeus.com/nordeus-challenge/
24.09.2024. UVODNI ČAS za sve zainteresovane studentkinje i studente master akademskih studija za predmet Tehnike obrade biomedicinskih signala, održaće se u četvrtak 03.10.2024. godine sa početkom u 12:15 časova u sali 62.
TOBS - Vežbe
Materijali za vežbe školske 2023/24 i video uputstva iz 2021/2022 školske godine:
- Uvodna vežba: , kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
- Osnovni podaci u R-u i učitavanje podataka iz datoteka: , kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
- Prikaz podataka i manipulacija nedostajućim vrednostima: , kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
- Manipulacija podacima, kontrolne strukture i dplyr paket na primeru studija spavanja: , kod (30.03.2024), YouTube uputstvo
- Funkcija i analiza srčanog pulsa merenog na zdravim ispitanicima: , kod (22.03.2024), YouTube uputstvo
- Kontrolne funkcije, pretprocesiranje biosignala i debagovanje: , puls.txt, kod (30.03.2024), YouTube uputstvo
- Sintetički EMG signal: , EMG.csv, kod (07.04.2024), YouTube uputstvo
- Vizuelizacija podataka: , kod (10.04.2024), YouTube uputstvo
- Vizuelizacija i merenje biosignala: , EMG.csv, EMG6channelsBicepsCocontraction.csv, kod (20.04.2024), YouTube uputstvo
- Automatsko generisanje izveštaja: , EMG signali, kod (28.04.2024), YouTube uputstvo
- T-test u stroke studiji i studiji spavanja: , kod (26.05.2024), YouTube uputstvo
- Kreiranje Shiny veb aplikacije: , EMG signali, kod (26.05.2024), YouTube uputstvo
DODATNE NAPOMENE:
Za proveru postojećih paketa (pre pokretanja instalacije), studenti/kinje mogu koristiti sledeći kod: if (!require("abd")) install.packages("abd"). Primer koda je dat za "abd" paket sa CRAN-a (eng. The Analysis of Biological Data).
Da bi se dodao novi red u tekstu u .Rmd dokumentu, potrebno je dodati dva znaka razmaka tj. space-a.
DODATNI MATERIJALI: Realizacija MA (eng. Moving Average) filtara u R-u je objašnjena ovde.
TOBS - Projekti
Spisak projekata za školsku 2023/24. godinu, (ažurirano 11.04.2024).
Uputstvo za pripremu i držanje prezentacija, studenti/kinje mogu pogledati ovde.