Font Size

SCREEN

Cpanel

Tehnike obrade biomedicinskih signala

Predmet 13M051TOBS
Status Broj časova (P+V+L) Krediti
Plan nastave  Izborni   2+0+2  6
Predavanja - dr Nadica Miljković, vanredna profesorka, kabinet 68
Vežbe - dr Nadica Miljković, vanredna profesorka , kabinet 68

Sva obaveštenja se nalaze na sajtu TOBS predmeta.

Rlogo

TOBS - Materijali za predavanja

Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde (iz školske 2016/17) i informaciju o uvodnom predavanju u sekciji TOBS - Obaveštenja.

Svi materijali dostupni u Zenodo repozitorijumu mogu se naći na https://zenodo.org/communities/tobs/.

Prezentacije sa predavanja školske 2023/24. godine i video lekcije iz 2021/2022. školske godine:

  1. Uvodno predavanjezenodo.4573992 (04.10.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  2. Osnovni podaci u programskom jeziku Rzenodo.4606662 (02.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  3. Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i nauka o podacima, zenodo.4625916 (09.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    1. Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
      1. Biryukova, E., & Sirotkina, I. (2020). Forward to Bernstein: movement complexity as a new frontier. Frontiers in Neuroscience14. doi: 10.3389/fnins.2020.00553
      2. Vukobratović, M., & Jovanović, M. (2010). Nikolai Aleksandrovich Bernstein - Pioneer in control and cybernetics. International Journal of Humanoid Robotics7(01), 213-222. doi: 10.1142/S0219843610002040
  4. Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanjazenodo.4642414 (17.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    1. Preporučen klip za interfejs sa bazama u SQL-u: R Tutorial: Connect to a database, DataCamp, 2016.
  5. Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretragazenodo.4661755 (22.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  6. Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala, zenodo.4679296 (30.03.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  7. Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignalazenodo.4699317 (07.04.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  8. Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo)zenodo.4721819 (10.04.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  9. Automatski izveštaji i t-testzenodo.4764538 (28.04.2024), Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj je dostupan na: download1 i download2, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  10. Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-uzenodo.4739339 50.txt. (20.04.2024.) Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R. (ažurirano 09.05.2023), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2. Demo za merenje signala u R-u je dostupan na YouTube linku - https://youtu.be/UoF_g5a_SdE.
    1. Dodatna i preporučena prezentacija za nauku o podacima od R. Harter "Getting Credit for Invisible Work"
    2. Preporučena prezentacija sa odličnom vizuelizacijom podataka od H. Rosling "The best stats you've ever seen!"
    3. Preporučeni priručnik autora Nordmann, Emily, et al. "Data visualisation using R, for researchers who don't use R." (2021).
  11. t-test i Case study analize podataka, Screenshot 2021 05 24 t test i Case study analize podataka (26.05.2024), Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  12. Shiny veb aplikacijezenodo.4894533 (26.05.2024), YouTube - čas 1, YouTube - čas 2

Dodatne lekcije:

  1. PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt
  2. Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA
  3. Topografija za vizuelizaciju podataka i Etika u radu sa podacima

Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)

Primeri ispitnih rokova:

  1. test, rešenja i pletizmograf.txt (april 2018)
  2. ispit i rešenja (oktobar 2017)
  3. ispit, rešenja i signali (jul 2017)
  4. ispit, rešenja i signali (jun 2017)
  5. test, rešenja i signali (april 2017)

Dodatni materijali (ažurirano 10.04.2023):

  1. Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018, zenodo.1335666
  2. Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.
  3. Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.
  4. Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph
  5. Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020
  6. Primer interaktivnog grafika u zdravstvu: https://live.mojdoktor.gov.rs/
  7. Kolekcija materijala/knjiga za programiranje u R-u, https://www.bigbookofr.com/index.html
  8. Knjiga H. Wickham Mastering Shiny, https://mastering-shiny.org/index.html
  9. Visual Vocabulary, https://ft-interactive.github.io/visual-vocabulary/
  10. 10 najgorih grafika, https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/topten_worstgraphs/ na sajtu Karla Bromana sa Viskonsin univerziteta
  11. Primeri dobrih i loših grafika Međunarodne asocijacije za obrazovanje statističara, https://iase-web.org/islp/apps/gov_stats_graphing/GoodBad/GoodBadGraphs.pdf
  12. Primeri dobrih i loših grafika dr. Lija sa Univerziteta u Džordžiji, Friends don't let friends make bad graphs, https://github.com/cxli233/FriendsDontLetFriends
  13. Primeri dobrih i loših grafika sa BioTuring bloga, Good chart, bad chart, https://blog.bioturing.com/2018/04/26/good-chart-bad-chart/
  14. Za procenu koliko memorijskog prostora zauzimaju pojedini podaci, može se koristiti i funkcija object.size(). U odnosu na manuelni proračun sa časa, ova funkcija daje za rezultat veći memorijski prostor kada se primeni nad data frame podacima, u odnosu na kolone iz data frame-a. Takođe, obratiti pažnju d akod poređenja manuelnih rezultata sa rezultatima funkcije može doći do razlike od 48 B (koliko zauzima alociranje podataka u R-u). Za detaljno objašnjenje, pogledati: http://adv-r.had.co.nz/memory.html

TOBS - Obaveštenja

26.05.2024. ISPIT IZ TOBS PREDMETA je zakazan u nedelju 16.06.2024. sa početkom u 11:30 časova u sali 311. Odbrane projekata će se realizovati u dva termina u junskom ispitnom roku: u sredu 05.06.2024. u sali 315 i u utorak 18.06.2024. u kabinetu 68. Detaljna obaveštenja će biti poslata na mejling listu.

26.05.2024. ISKUSTVA SA TAKMIČENJA U OBLASTI OBRADE BIOSIGNALA: Studenti koji su osvojili nagradu na g.tec takmičenju će predstaviti svoje iskustvo sa učešća 29. maja na Elektrotehničkom fakultetu, Univerziteta u Beogradu. Obaveštenje je dostupno na: https://www.etf.bg.ac.rs/sr-lat/najave/2024/05/iskustva-sa-medjunarodnog-takmicenja-u-oblasti-obrade-biomedicinskih-signala, a informacije o nagradi su dostupne na: https://www.etf.bg.ac.rs/sr-lat/vesti/2024/05/uspeh-studenata-elektrotehnickog-fakulteta-univerziteta-u-beogradu-na-medjunarodnom-takmicenju-iz-oblasti-obrade-biomedicinskih-signala.

15.05.2024. VEBINAR o korišćenju otvorenih podataka u istraživanjima koju organizuje data.europa će se održati u petak 24.05.2024, a prijava je moguća na: https://dataeuropaacademy.clickmeeting.com/workshop-how-to-use-open-data-for-your-research-/register.

15.05.2024. NASTAVA iz TOBS predmeta se neće držati u sedmici od 20.05.2024. do 26.05.2024, a nadoknada predavanja će biti održana u terminu koji je dogovoren na časovima od 12 do 14 časova u petak 31.05.2024. u sali 315.

15.05.2024. REZULTATI TESTA NAKON UVIDA U RADOVE iz TOBS predmeta održanog 10.05.2024. su dostupni ovde.

13.05.2024. PREDAVANJE PO POZIVU pod nazivom "Primena koncepta digitalne obuke i selekcije pilota" će održati potpukovnik doc. dr Aleksandar Knežević sa Katedre vojnog vazduhoplovstva, Vojne akademije u Beogradu u okviru mini seminara koji se održavaju na Elektrotehničkom fakultetu, Univerziteta u Beogradu u četvrtak 30.05.2024. sa početkom u 18 časova u sali 59. Predavanje će uključiti interesantne aspekte merenja i analize biosignala i signala sa uređaja za praćenje pokreta oka. Rezime predavanja sa kratkom biografijom predavača je dostupno na: https://www.etf.bg.ac.rs/sr-lat/najave/2024/05/mini-seminar-primena-koncepta-digitalne-obuke-i-selekcije-pilota.

Opširnije: TOBS - Obaveštenja

TOBS - Vežbe

Materijali za vežbe školske 2023/24 i video uputstva iz 2021/2022 školske godine:

  1. Uvodna vežba: zenodo.4625578, kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
  2. Osnovni podaci u R-u i učitavanje podataka iz datoteka: zenodo.4625586, kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
  3. Prikaz podataka i manipulacija nedostajućim vrednostima: zenodo.4625785, kod (09.03.2024), YouTube uputstvo
  4. Manipulacija podacima, kontrolne strukture i dplyr paket na primeru studija spavanja: zenodo.4699128, kod (30.03.2024), YouTube uputstvo
  5. Funkcija i analiza srčanog pulsa merenog na zdravim ispitanicima: zenodo.4699136, kod (22.03.2024), YouTube uputstvo
  6. Kontrolne funkcije, pretprocesiranje biosignala i debagovanje: zenodo.4699142, puls.txt, kod (30.03.2024), YouTube uputstvo
  7. Sintetički EMG signalzenodo.4764546, EMG.csv, kod (07.04.2024), YouTube uputstvo
  8. Vizuelizacija podatakazenodo.4764587, kod (10.04.2024), YouTube uputstvo
  9. Vizuelizacija i merenje biosignala: zenodo.4764625, EMG.csv, EMG6channelsBicepsCocontraction.csv, kod (20.04.2024), YouTube uputstvo
  10. Automatsko generisanje izveštaja: zenodo.4896535, EMG signali, kod (28.04.2024), YouTube uputstvo
  11. T-test u stroke studiji i studiji spavanja: zenodo.4896747, kod (26.05.2024), YouTube uputstvo
  12. Kreiranje Shiny veb aplikacije: zenodo.4896767, EMG signali, kod (26.05.2024), YouTube uputstvo

DODATNE NAPOMENE:

Za proveru postojećih paketa (pre pokretanja instalacije), studenti/kinje mogu koristiti sledeći kod: if (!require("abd")) install.packages("abd"). Primer koda je dat za "abd" paket sa CRAN-a (eng. The Analysis of Biological Data).

Da bi se dodao novi red u tekstu u .Rmd dokumentu, potrebno je dodati dva znaka razmaka tj. space-a.

DODATNI MATERIJALI: Realizacija MA (eng. Moving Average) filtara u R-u je objašnjena ovde.

TOBS - Projekti

Spisak projekata za školsku 2023/24. godinu, zenodo.7794192 (ažurirano 11.04.2024).

Uputstvo za pripremu i držanje prezentacija, studenti/kinje mogu pogledati ovde.

Opširnije: TOBS - Projekti

Potkategorije

Prijavljivanje

Vi ste ovde: Home 13M051TOBS