Signali i sistemi ETF

Tehnike obrade biomedicinskih signala

Sva obaveštenja se nalaze na sajtu TOBS predmeta.

TOBS - Materijali za predavanja

PLAN NASTAVE U DOBA KORONE, studentkinje i studenti mogu pogledati ovde. Za online časove koristiće se Skype ili Jitsi platforme.

Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde.

Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018,

Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.

Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.

Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph

Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020.

Prezentacije sa predavanja:

1. Uvodno predavanje
   
2. Osnovni podaci i manipulacija podacima u R-u
3. Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i Data Science
4. Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja
5. Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretraga
6. Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala
7. Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignala
8. Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo)
9. Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-u, 50.txt. Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R.
10. Automatski izveštaji i t-test. Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj, studenti mogu pogledati na: download1 i download2.
11. t-test i Case study analize podataka. Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R.
12. Shiny web aplikacije.
13. PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt.
14. Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA.

Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)

TOBS - Obaveštenja

08.09.2020. Vebinar "Introduction to the Brain Imaging Data Structure (BIDS)" je zakazan 17.09.2020, a za više informacija o prijavama i sadržaju vebinara, pogledati https://www.openscience-rotterdam.com/2020/09/intro-bids-sept2020/.

07.08.2020. R Studio Cloud je web platforma koja omogućava jednostavnu analizu signala u R-u, deljenje projekata u R-u i učenje R-a na jednostavan način preko internet pretraživača. Više na https://blog.rstudio.com/2020/08/05/rstudio-cloud-announcement/ i https://rstudio.com/resources/webinars/teaching-r-online-with-rstudio-cloud/. Platforma R Studio Cloud je predstavljena u martu 2020. godine i posebno ju je pogodno koristiti u uslovima učenja "od kuće".

19.07.2020. BESPLATNA I VIRTUELNA JULIACON 2020! Za više informacija o relativnom mladom programskom jeziku Julia i besplatnoj online konferenciji koja sadrži i predavanja koja su od interesa za Tehnike obrade biomedicinskih signala, pogledati: https://juliacon.org/2020/ i https://pretalx.com/juliacon2020/schedule/#2020-07-29.

Opširnije: TOBS - Obaveštenja

TOBS - Vežbe

Materijali za vežbe:

1. Uvodna vežba: prezentacija, skript
2. Osnovni podaci i rad sa fajlovima: txt_fajl, csv_tabela, prezentacija, skript
   
3. Ekstrakcija, prikaz podataka i nedostajuće vrednosti: primerPodataka.csv, primerPodatakaV.csv, prezentacija, skript
4. Kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja: prezentacija, skript
5. Pisanje funkcija i analiza srčanog pulsa: prezentacija, skript
6. Kontrolne funkcije, pretprocesiranje biosignala i debagovanje: prezentacija, puls.txt, skript
7. Sintetički EMG signal: EMG.csv, zadaci, skript
8. Vizuelizacija: zadaci
9. Vizuelizacija II i merenje signala: zadaci, EMG.csv, EMG6channelsBicepsCocontraction.csv
10. Automatsko generisanje izveštaja: zadaci, EMG signali, vezba10Rezultat.pdf
11. t-test u stroke studiji i studiji spavanja: zadaci
12. Shiny aplikacija i GUI: zadaci, EMG signali

DODATNE NAPOMENE:

Za proveru postojećih paketa (pre pokretanja instalacije), studenti/kinje mogu koristiti sledeći kod: if (!require("abd")) install.packages("abd"). Primer koda je dat za "abd" paket sa CRAN-a (eng. The Analysis of Biological Data).

Da bi se dodao novi red u tekstu u .Rmd dokumentu, potrebno je dodati dva znaka razmaka tj. space-a.

DODATNI MATERIJALI: Realizacija MA (eng. Moving Average) filtara u R-u je objašnjena ovde.

TOBS - Projekti

*** NOVO *** Objavljen je projekat za 2018/19. školsku godinu i dostupan na: tekst projekta (na srpskom), project assignment (in English).

Uputstvo za pripremu i držanje prezentacija, studenti/kinje mogu pogledati ovde.

Opširnije: TOBS - Projekti