13M051TOBS

TOBS - Materijali za predavanja

Zainteresovani studenti/kinje mogu pogledati prezentaciju predmeta ovde (iz školske 2016/17) i informaciju o uvodnom predavanju u sekciji TOBS - Obaveštenja. Svi materijali dostupni u Zenodo repozitorijumu mogu se naći na https://zenodo.org/communities/tobs/.

Odgovor na pitanje zašto je korisno učiti R i steći znanja iz nauke o podacima i obradi medicinskih podataka je dat u video snimku od CodeSource iz marta 2026. godine, pod nazivom "The untold story of R": 

Udžbenik za TOBS predmet:

  1. Analiza biosignala sa praktičnim primerima u programskom jeziku R, 2024, zenodo.12731354

Prezentacije sa predavanja i video lekcije:

  1. Uvodno predavanje, zenodo.4573992, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  2. Osnovni podaci u programskom jeziku R, zenodo.4606662, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  3. Interfejsi u R-u, primeri biomedicinskih signala i nauka o podacima, zenodo.4625916, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    1. Dodatna literatura za 3. lekciju uključuje dve reference o Nikolaju Bernštajnu:
      1. Biryukova, E., & Sirotkina, I. (2020). Forward to Bernstein: movement complexity as a new frontier. Frontiers in Neuroscience, 14. doi: 10.3389/fnins.2020.00553
      2. Vukobratović, M., & Jovanović, M. (2010). Nikolai Aleksandrovich Bernstein - Pioneer in control and cybernetics. International Journal of Humanoid Robotics, 7(01), 213-222. doi: 10.1142/S0219843610002040
  4. Operatori, kontrolne strukture, dplyr paket i studija spavanja, zenodo.4642414, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
    1. Preporučen klip za interfejs sa bazama u SQL-u: R Tutorial: Connect to a database, DataCamp, 2016.
  5. Srčani puls, funkcije, estetika, dplyr paket i pretraga, zenodo.4661755, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  6. Kontrolne funkcije, debagovanje, profilisanje koda i filtriranje biosignala, zenodo.4679296, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  7. Generisanje (pseudo)slučajnih brojeva i sintetičkih biosignala, zenodo.4699317, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  8. Analiza EMG-a i vizuelizacija (I deo), zenodo.4721819, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  9. Automatski izveštaji i t-test, zenodo.4764538, Primer .Rmd dokumenta i automatski .pdf izveštaj je dostupan na: download1 i download2, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  10. Vizuelizacija (II deo) i merenje signala u R-u, zenodo.4739339 50.txt. Za merenje signala u R-u korišćeni su sledeći kodovi: analogReadBezKasnjenja.ino i mer.R, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2. Demo za merenje signala u R-u je dostupan na YouTube linku - https://youtu.be/UoF_g5a_SdE.
    1. Dodatna i preporučena prezentacija za nauku o podacima od R. Harter "Getting Credit for Invisible Work"
    2. Preporučena prezentacija sa odličnom vizuelizacijom podataka od H. Rosling "The best stats you've ever seen!"
    3. Preporučeni priručnik autora Nordmann, Emily, et al. "Data visualisation using R, for researchers who don't use R." (2021).
  11. t-test i Case study analize podataka, Screenshot 2021 05 24 t test i Case study analize podataka, Kod koji pruža dodatni uvid u osobine t-testa: ttestKod.R., YouTube - čas 1, YouTube - čas 2
  12. Shiny veb aplikacije, zenodo.4894533, YouTube - čas 1, YouTube - čas 2

Dodatne lekcije:

  1. PCA i EMD realizacija u R-u za obradu biosignala. Podaci za prezentaciju: 100.txt, EMG.txt
  2. Topografska analiza, klasterizacija biosignala, standardi za snimanje i ETIKA
  3. Topografija za vizuelizaciju podataka i Etika u radu sa podacima

Materijali sa predavanja za školsku 2016/2017 godinu: Handout za predavanja 1-5, studenti mogu preuzeti ovde. Za predavanja 6-10, studenti mogu preuzeti handout ovde. Handout za predavanja 11-14 je dostupan ovde. (U handout-u hyperlink-ovi su neaktivni, ali studenti mogu pogledati kompletnu verziju predavanja skeniranjem QR kodova.)

Primeri ispitnih rokova:

  1. test, rešenja i pletizmograf.txt (april 2018)
  2. ispit i rešenja (oktobar 2017)
  3. ispit, rešenja i signali (jul 2017)
  4. ispit, rešenja i signali (jun 2017)
  5. test, rešenja i signali (april 2017)

Dodatni materijali:

  1. Predavanje održano tokom R-Ladies sastanka 20. juna 2018, zenodo.1335666
  2. Link sa zanimljivih sadržajem tj. "lažnim" korelacijama: http://www.tylervigen.com/spurious-correlations.
  3. Preporučeni primeri dobre i loše prakse u vizuelizaciji podataka su dostupni na https://www.reddit.com/r/dataisbeautiful/ i https://www.reddit.com/r/dataisugly/.
  4. Broj R paketa od početka držanja TOBS kursa: https://github.com/NadicaSm/simpleRgraph
  5. Prezentacija i kod za uvodni blok: https://github.com/NadicaSm/R-for-Data-Science-Short-Course-2020
  6. Primer interaktivnog grafika u zdravstvu: https://live.mojdoktor.gov.rs/
  7. Kolekcija materijala/knjiga za programiranje u R-u, https://www.bigbookofr.com/index.html
  8. Knjiga H. Wickham Mastering Shiny, https://mastering-shiny.org/index.html
  9. Visual Vocabulary, https://ft-interactive.github.io/visual-vocabulary/
  10. 10 najgorih grafika, https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/topten_worstgraphs/ na sajtu Karla Bromana sa Viskonsin univerziteta
  11. Primeri dobrih i loših grafika Međunarodne asocijacije za obrazovanje statističara, https://iase-web.org/islp/apps/gov_stats_graphing/GoodBad/GoodBadGraphs.pdf
  12. Primeri dobrih i loših grafika dr. Lija sa Univerziteta u Džordžiji, Friends don't let friends make bad graphs, https://github.com/cxli233/FriendsDontLetFriends
  13. Primeri dobrih i loših grafika sa BioTuring bloga, Good chart, bad chart, https://blog.bioturing.com/2018/04/26/good-chart-bad-chart/
  14. Za procenu koliko memorijskog prostora zauzimaju pojedini podaci, može se koristiti i funkcija object.size(). U odnosu na manuelni proračun sa časa, ova funkcija daje za rezultat veći memorijski prostor kada se primeni nad data frame podacima, u odnosu na kolone iz data frame-a. Takođe, obratiti pažnju d akod poređenja manuelnih rezultata sa rezultatima funkcije može doći do razlike od 48 B (koliko zauzima alociranje podataka u R-u). Za detaljno objašnjenje, pogledati: http://adv-r.had.co.nz/memory.html